16S rRNA标签测序法在尘肺病患者肺部菌群多样性分析中的优化应用

Optimization of 16S rRNA tag sequencing in analysis of pulmonary bacterial community diversity in patients with pneumoconiosis

摘要:
目的优化高通量16S rRNA标签测序法，有针对性地获取尘肺病患者肺部菌群结构信息。
方法采集3例尘肺病患者的9份肺部肺泡灌洗液，采用十六烷基三甲基溴化铵法（CTAB）法提取肺泡灌洗液基因组DNA，扩增16S rRNA V4区域并进行NovaSeq 6000测序以及测序数据生物学分析。
结果 CTAB法得到16S rRNA扩增产物符合质检，标签测序法得到的去嵌合体序列（effective tags）占比均在74.56%以上，测序深度达6 000条时渐进合理，可获取各样本物种合理的丰富度和均匀度，并注释物种，分析各层级占主导地位的优势菌属，可有效进行肺泡灌洗液菌群Alpha和Beta多样性分析。
结论优化版16S rRNA标签测序法可准确分析尘肺病患者肺部菌群结构信息，也可能适用于微生物组分析、快速鉴定及耐药性分析。